Sistem tata pamong meliputi struktur organisasi, mekanisme kerja, mekanisme koordinasi, mekanisme pengambilan keputusan, kepemimpinan serta mekanisme monitoring dan evaluasi.  Secara garis besar organisasi fakultas terdiri atas : (1)Unsur pimpinan, dekan dan wakil dekan; (2) Senat Fakultas; (3) Unsur pelaksana akademis, progam studi, laboratorium dan kelompok dosen;  (4) unsur pelaksana admisnistratif yaitu bagian tata usaha; unsur penjaminan mutu; dan Unit Pelaksana Pengembangan Teknis Produksi (UPPTP) sebagaimana tergambar pada struktur organisasi aperta UM Jember.

Prodi Agribisnis dipimpin oleh Ketua Program Studi yang diangkat dan diberhentikan oleh Rektor atas usulan Dekan melalui mekanisme pemilihan oleh staf dosen prodi.  Ketua prodi bertanggung jawab pada dekan dan mempunyai tugas pokok menyelenggarakan kegiatan pendidikan dan pengajaran serta pelayanan akademik civitas akademika.  Untuk melaksanakan tugas pokok tersebut ketua prodi menyelengarakan fungsi :

a. Menyusun program kerja program studi

b. Menetapkan ploting dosen, pembimbing akademik dan pembimbing skripsi

c. Memeriksa konsep beban tugas mengajar dosen prodi tiapsemester

d. Memonitor pelaksanaan perkuliahan

Laboratorium Faperta-UM Jember dikoordinasi oleh kepala laboratorium yang bertanggung jawab pada dekan, terdiri atas laboratorium tanah, biologi, perlindungan tanaman, agronomi, agribisnis, penyuluhan, stasiun klimatologi dan lahan percobaan.

Perpustakaan tingkat prodi masih belum tersedia namun di tingkat fakultas tersedia ruang baca.  Mahasiswa yang memerlukan pustaka dapat menggunakan perpustakaan UM Jember, selain itu juga terbuka akses yang mudah untuk memanfaatkan sarana lain seperti perpustakaan daerah serta perpustakaan dari perguruan tinggi lain di Jember seperti Universitas Jember, Moch. Sroedji,  Universitas Islam dan lainnya.

Sistem tata pamong yang transparan, kredibel, akuntabel dan bertanggung jawab tercermin dari adanya: (1)  SOP untuk berbagai aktivitas akademik; (2)  program kerja dan Laporan Tahunan fakultas; (3) laporan pertanggungjawaban pada akhir periode jabatan  dekan; (4)  laporan pertanggungjawaban terhadap semua kegiatan insidental yang diselenggarakanfakultas; (5) monitoring dan evaluasi, baik di tingkat fakultas yang dilakukan oleh Gugus Penjaminan Mutu, maupun tingkat prodi yang dilaksanakan oleh Unit Penjaminan Mutu dengan tugas pokok:

a. Menginventarisir dan mengevaluasi kegiatan, proses danhasil pembelajaran prodi

b. Menyusun laporan dan rekomendasi perbaikanuntuk penjaminan mutu  secara berkelanjutan.